وقتی برای بازرسی و جستجو به آنجا وارد شدند، جسدی را مشاهده کردند که تمام اعضای بدن آن سالم و تازه به نظر می رسید و هیچ گونه عیب و نقصی در آن دیده نمی شد، و با صورتی نیکو آرمیده بود! و هنوز اثر خضاب کردن بر ناخنهایش مشهود بود! و ناخنهای یک دست را گرفته و ناخن دست دیگر را نگرفته بود و محاسن شریفش روی سینه اش ریخته بود و بدن چنان سالم و تازه بود که چنین به نظر می آمد تازه از حمام بیرون آمده است و فقط رشته های نخ پوسیده کفن که از هم گسسته شده بود، در اطراف جسد بر روی خاک ریخته بود!
این خبر در شهرری و تهران، به سرعت دهان به دهان گشت؛ و مردم فورا به سلطان وقت اطلاع دادند. به دستور سلطان، بسرعت گروهی از علما و افراد سرشناس و صاحب نفوذ، که در بین ایشان مرحوم حاج آقا محمد آل آقا کرمانشاهی و مرحوم میرزا ابوالحسن جلوه، حکیم گرانمایه آن روزگار و مرحوم آیه ا… ملا محمد رستم آبادی و مرحوم علامه سید محمود مرعشی نجفی حضور داشتند؛ انتخاب و برای بررسی وضعیت در منطقه حضور پیدا کردند و وارد سرداب شدند و پس از تایید اصل قضیه، برای شناسایی جسد، شروع به تفحص و جستجو نمودند. با تفحص و بررسی های انجام شده در سرداب، متوجه لوح و سنگ قبری می شوند که بر روی آن چنین نوشته شده است: هذا المرقد العالم الکامل المحدث، ثقه المحدثین، صدوق الطایفه، ابوجعفر محمد بن علی بن حسین بن موسی بن بابویه قمی.
پس از بررسی های کامل و پیدا شدن این سنگ نبشته و تأیید علما و امینان مردم، در صحت و شناسایی جسد مطهر شیخ صدوق، جای هیچ گونه تردیدی باقی نماند؛ و لذا دستور دادند، سرداب را بازسازی کنند و در آن را بستند و حفره پدید آمده را نیز مرمت کردند و بنایی مناسب بر آن ساختند و به بهترین وجه تزیین و آیینه کاری نمودند.مرحوم آیه ا… مرعشی نجفی کلامی نیز در ادامه بیان می دارند که مرحوم پدرم، علامه سید محمد مرعشی نجفی می فرمودند: من دست آن بزرگوار را بوسیدم و دیدم که تقریباً پس از نهصد سال که از مرگ و دفن شیخ صدوق می گذرد، دست ایشان، بسیار نرم و لطیف بود.
منبع: مقدمه کتاب من لا یحضره الفقیه و کتاب روضات الجنات خوانساری