پس از پیروزی انقلاب اسلامی ، این سرباز آزاده شده از چنگال طاغوت، با آغاز جنگ تحمیلی، به همراه شهید دکتر چمران در ستاد جنگ های نامنظم به نبرد با متجاوزان طاغوتِ بعثی مشغول شد و به تاریخ ۲۶ آذر ۵۹ به اسارت دشمن بعثی در آمد.
سید علی اکبر ابوترابی در طول ده سال اسارت، با سیره ی عملی خود ، به اسطوره ی امید بخش ده ها هزار اسیری تبدیل شد که او را به چشم نماینده ی حضرت روح الله می نگریستند.
سرانجام حجت الاسلام سیدعلی اکبر ابوترابی،از بند طاغوتِ عراق نیز آزاد شد و به آغوش میهن بازگشت و این فرصت را یافت که ده سال نیز در سنگر مجلس شورای اسلامی و ستاد امور آزاده گان ، به نهضتِ پیر و مرادش خدمت کند.
و تقدیر چنین بود که به روز ۱۲ خرداد ۱۳۷۹ ش برابر با ۲۷ صفر ۱۴۲۱ ق در راه زیارت امام رضا(ع) به همراه پدر فرزانه اش حاج سیدعباس ابوترابی ، از زندان تن نیز رها گردد و همزمان با روز شهادت امام رضا(صلوات الله علیه) در حرم مطهر رضوی آرام بگیرد.
حجت الاسلام سید علی اکبر ابوترابی ، اواخر دهه ی ۱۳۴۰ ، زندان های رژیم پهلوی
حجت الاسلام سید علی اکبر ابوترابی ، اوسط دهه ی ۱۳۶۰ ، زندان های رژیم بعثی صدام