دولت از کمکهای میلیاردی به حوزههای علمیه سخن میگوید و علما از عدم رضایت مراجع تقلید و حوزه از سیاستها و تصمیمات دولت. هر از چندگاهی نیز این موضع گیریها باعث تنش در روابط دولت و حوزههای علمیه شده است تا جایی که تنها رابط بین این دو نهاد یعنی مشاور رئیسجمهور در امور روحانیت نیز مجبور به استعفا شد.
البته دولت که نشان داد کمتر به توصیههای بزرگان توجه دارد رابطه قوی با یکی از علمای قم داشت و تا قبل از خانه نشینی یازده روزه احمدینژاد تنها میزبان دولت در سفر به قم همین شخصیت برجسته بود.
با این وجود شاگرد ویژه آیتالله مصباح یزدی یعنی مرتضی آقاتهرانی که در دوره هشتم نمایندگی مردم تهران در مجلس را برعهده داشت،ارتباط نزدیکی با رئیسجمهور دارد.
اخیرا آقاتهرانی در یکی از جلسات انتخاباتی خود روایتی از نقش آفرینی خود در خصوص ارتباط آیتالله مصباح و کابینه تشریح کرد که بسیار شنیدنی است. وی که بعد از آیتالله حائری شیرازی به عنوان استاد اخلاق کابینه انتخاب شده بود گاهی برای تدریس اخلاق به کابینه میرفت و از این طریق روابط خوبی با رئیس دولت و اعضای کابینهاش داشت.
بر اساس آنچه آقاتهرانی گفت معمولا او روزهای یکشنبه نزد آیتالله مصباح میرفت تا مطالبی که قرار بود روز بعدش در دولت ارائه کند را تایپ شده ارائه دهد تا اگر آیتالله مصباح نقدی به مطالب داشت آن را اصلاح کند.
وی در ادامه به بخشنامه جنجالی دولت درباره مجوز حضور زنان در ورزشگاهها اشاره کرد و گفت که آیتالله مصباح مخالف این اقدام دولت بود و به این خاطر از آقاتهرانی خواست تا احمدینژاد را از نظر منفی وی مطلع سازد. براساس گفتههای آقاتهرانی، احمدینژاد پس از اطلاع درباره رای آیتالله مصباح در این زمینه قول داد که این بخشنامه را امضا نکنداما ظاهرا رئیسجمهور بعد از رفتن آقاتهرانی نظرش را تغییر داده و این بخشنامه را امضا میکند.
آقاتهرانی در ادامه گفت: پس از این بخشنامه، آیتالله مصباح من را خواستند و فرمودند مگر من به شما نگفتم موضوع را به رئیس جمهور بگویید و من گفتم که به ایشان گفتهام که ایشان به فکر رفتند و فوقالعاده ناراحت شدند. پس از این حادثه آیتالله مصباح، آقاتهرانی را مامور میکند تا برود و مجدد با احمدینژاد مذاکره کند. آقاتهرانی نیز قبول میکند اما شرط میگذارد که آیتالله مصباح فرد دیگری نیز با او روانه دولت کند که در نهایت سقای بیریا همراه آقاتهرانی نزد احمدینژاد میرود.
هر چند آقاتهرانی به نتیجه این مذاکرات اشارهای نکرد اما مبرهن است که نباید نتایج مذاکرات مثبت باشد.
بعد از مخالفتهای شدید حوزه علمیه قم و دیگر مراجع تقلید، دولت مجبور شد بخشنامه مجوز حضور زنان در استادیومهای ورزشی را لغو کند اما این روابط هیچ گاه بهبود نیافت.